针对老板扣工资申请劳动仲裁，法律依据主要是《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》。根据该法第二十七条：“劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。”
老板扣工资属于拖欠劳动报酬。若劳动关系存续，仲裁时效无限制，可随时申请；若已终止，需在终止后一年内提出，否则可能败诉。此外，该条还规定了时效中断（如向老板主张权利）和中止（如不可抗力）的情形，这些会影响仲裁时效。建议您根据劳动关系存续情况，依据上述法律判断时效，以保障权益。
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申请劳动仲裁追讨老板克扣的工资，关键是把握仲裁时效和证据收集。您可申请仲裁要求返还被扣工资，一般仲裁时效为一年。
若仍存在劳动关系，因扣工资引发的争议不受一年时效限制；若劳动关系已终止，需在终止后一年内提出。若您在知道扣工资行为后一年内，曾向老板主张权利、向部门投诉，或老板同意支付，时效会中断并重新计算；若因不可抗力（如自然灾害）或正当理由（如重病）无法申请仲裁，时效会中止，中止原因消除后继续计算。
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申请劳动仲裁追讨老板扣工资时，特殊情况或例外情形会影响处理结果：
1. 合法扣减情形：若老板因劳动者原因造成经济损失，按约定从工资中扣除赔偿，但每月扣除≤20%，且剩余工资≥当地最低工资。此时扣工资合法，仲裁可能不支持全额返还请求，需看扣减是否合理。
2. 合同约定情形：若劳动合同明确约定特定情形（如绩效考核不达标）扣工资，且约定不违反法律，老板依约扣工资时，仲裁可能不支持返还请求，因约定对劳动者有约束力。
3. 时效中断/中止：若您在时效内曾向老板主张权利（如书面催讨）、向劳动监察部门投诉，或老板同意支付，时效中断；若因不可抗力（如地震）或正当理由（如重病无代理人）无法申请仲裁，时效中止。这些情形会延长时效，需保留证据证明事实。
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申请劳动仲裁追讨老板扣工资可能面临法律风险，具体如下：
1. 诉讼时效风险：仲裁时效限制，超期可能丧失胜诉权。例如：小李2022年1月被老板无故扣1000元工资，2023年3月才申请仲裁（劳动关系未终止），老板提出时效抗辩，小李的请求可能不被支持。
2. 证据链风险：需充分证明劳动关系和扣工资事实。例如：小张仅提供同事口头证言，无劳动合同、工资条等证据，老板否认扣工资，小张可能因证据不足无法证明事实，仲裁请求难实现。

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